一天帝都紮菲亞斯（Zaphias）貧民區的水魔導器聖核被盜去，導致區內出現水浸，居住在貧民區的青年由利·羅威爾（Yuri Lowell）與愛犬拉彼特（Repede）一起追尋小偷但因非法入侵王城而被捕入獄。由利於越獄途中在城內遇上遭士兵追趕的少女艾絲緹莉潔（Estellise Sidos Heurassein）。在聽到她希望尋找摯友弗林·西佛（Flynn Scifo）後，由利決定帶著艾絲緹莉潔逃出王城尋找弗林及追捕小偷。沿途上二人分別遇上希望與公會魔狩之劍會合之男孩卡洛爾·卡培爾（Karol Capel），以及熱衷於魔導器研究且被由利誤認作聖核小偷之少女莉塔·摩迪歐（Rita Mordio）。四人結伴同行時由利逐漸了解世界的狀況和各公會的背後理念：公會均是由希望能脫離帝都統治的人所創立。在公會高級成員雷文（Raven）和到處毀滅魔導器的少數民族槍使茱蒂絲（Judith）協助下，眾人阻止了一個以巴爾伯斯（Barbos）為首的公會的陰謀和奪回了聖核，由利把聖核交予弗林後決定與卡洛爾和茱蒂絲成立公會凜凜之明星（Brave Vesperia）。
不久艾絲緹莉潔被一始祖之隸長攻擊且被稱為世界之毒藥，眾人調查後發現她是象徵世界終末的滿月之子：她不需要借助魔導器就能把艾爾轉化成魔法，而由於這轉換方式的效能非常高，世上的艾爾存量會急劇減少，星蝕將被喚醒從而把世上所有生命轉化為艾爾；人們大量使用魔導器亦會加速星蝕的來臨，這亦是茱蒂絲經常毀滅魔導器的原因。同時由利眼看帝國的法律無法制裁腐敗的官員而於兩天晚上分別殺死了兩名污吏，導致他與弗林關係出現緊張：曾是騎士團成員的由利深感帝國的腐敗而離開和作出對抗，弗林則希望從內部開始改變帝國。不同的理念使二人數度幾近交鋒。
艾絲緹莉潔突然被雷文擄去－雷文的真實身分乃騎士團指揮官修凡·奧爾崔因（Schwann Oltorain）。騎士團團長亞雷克賽（Alexei Dinoia）被揭發背後協助巴爾伯斯，希望複製一把能控制艾爾的帝國皇室寶劍宙之戒典（Dein Nomos）並以它啟動扎烏迪不落宮。由利等人從杜克手上借得真正之宙之戒典後前往營救艾絲緹莉潔但被修凡阻止：修凡本於人魔戰爭中陣亡但被亞雷克賽以魔導器取代其心臟而得以活命，亦因此無法違抗亞雷克賽。修凡戰敗後犧牲自己讓眾人逃走但被下屬救出，重返眾人行列並決定以雷文的身份效忠於凜凜之明星。
利用偽宙之戒典和艾絲緹莉潔，亞歷克賽成功喚醒扎烏迪不落宮。由利等人救回艾絲緹莉潔後於不落宮與亞雷克賽交戰：亞雷克賽了解世界因大量使用魔導器而步向滅亡，因此希望以不落宮毀滅和重新創造世界。眾人雖然擊敗亞雷克賽但無法阻止不落宮被啟動，亞雷克賽至此始明瞭不落宮的真正目的和醒悟其行動關閉了它並解放了星蝕。驚悉自己把世界推向了滅亡，亞雷克賽自殺身亡。
莉塔為阻止星蝕而進行研究：把聖核變成精靈重生並且把全世界的聖核轉化成精靈，集合牠們力量理應能把星蝕毀滅。由於此舉將為世界帶來不可逆轉的改變，眾人與帝國和各公會的首領會面為未來作出準備。在此期間弗林獲晉升成為騎士團代理團長，並就由利私下處死兩名污吏和把所有功積讓出二事向他對質，由利則表示弗林是世界需要的領袖並願意為此成為罪犯，弗林警告將來自己可能被迫就由利的罪行加以阻止，由利欣然接受。
眾人獲得各首領的許可進行計劃，同時杜克對人類失去信心而決定喚醒由遠古文明創造的武器塔市塔爾卡隆（Tarqaron），打算犧牲全世界人類（包括杜克）以驅動塔市把星蝕毀滅。由利等人於塔市頂部與杜克對質，雙方因堅持以各自的方式拯救世界而交戰，杜克於戰敗後眼見由利等人和世人願意放棄魔導器拯救世界後決定出手相助，加上世上所有精靈的力量後成功把星蝕毀滅。星蝕被毀後化為無數的精靈，杜克於由利等人慶祝勝利時離去。